Что значит,
чтобы .htaccess все таки был защищен от изменений
?
Mibew Messenger работает так, как должен. У него есть определённые системные требования. Если Вы используете хостинг, не удовлетворяющий этим требованиям - это не проблема Mibew Messenger.
В данном случае у топикстартера возникла определённая проблема с хостингом. Было найдено её достаточно простое решение, сводящееся к правке двух файлов.
Не хотите править файлы - не используйте странные хостинги.
Не хотите править файлы, но хотите использовать странные хостинги - не используйте Mibew Messenger.
Хотите использовать Mibew Messenger на странном хостинге так, чтобы все проблемы решались сами собой - ищите цветик-семицветик или золотую рыбку для исполнения заветных желаний.