Можно сделать следующим образом:
1) Создайте две группы Сайт1 и Сайт2;
2) Добавьте в них операторов;
3) На сайте 1 сделайте кнопку входа в группу Сайт1, а на сайте 2 сделайте кнопку входа в группу Сайт2,
4) Запустите Mibew Messenger client подключитесь к серверу и радуйтесь, посетители будут поступать в одно приложение, а каждый посетитель будет помечен как Сайт1 или Сайт2.