Структура каталогов определяется структурой пространства имен PHP используемого для плагина.
На самом деле, она имеет вот такой вид:
/plugins/<Вендор>/Mibew/Plugin/<Имя плагина>
^ ^ ^ ^
| | | |
| | | Собственное имя плагина
| | Дополнительные пространства имен, используемые для предотвращения коллизий
| Название производителя
Хранилище плагинов
Собственно, вся эта структура каталогов отображается в пространства имен PHP, что называется, "в лоб":
/plugins/Mibew/Mibew/Plugin/Emoji/Plugin.js
class \Mibew\Mibew\Plugin\Emoji\Plugin {
// ....
}